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CryptoStudio consiste in una serie di comandi, ognuno dei quali è destinato ad un compito specifico. Per eseguire un comando, per prima cosa occorre selezionarlo nella Barra dei comandi. Utilizzare poi la Barra parametri per settare i parametri richiesti (da notare che molti di questi parametri sono opzionali e possono essere lasciati in bianco. Vedere la documentazione dello specifico comando per maggiori informazioni).
Per specificare file nella Barra parametri è possibile utilizzare il "drag and drop" (oppure premere il bottone "Browse" sulla destra del campo relativo al parametro).
I parametri specificati vengono utilizzati per formare una riga di comando. Tale riga può essere editata e modificata manualmente prima dell'esecuzione. Questo offre una grande flessibilità, specialmente ad utenti avanzati.
Dopo l'esecuzione del comando, la finestra Console mostra l'output risultante.
Crypto Parser è un'utilità che mostra le proprietà di oggetti crittografici in formato leggibile. Questo è particolarmente utile quando si ha necessità di analizzare in modo veloce un gran numero di oggetti. Al momento, solo certificati X.509 e oggetti PKCS#7 sono supportati. Crypto Parser può esere utilizzato in normal mode (i file da parsare vanno trascinati manualmente nella finestra) o in "auto-load" mode (i file selezionati nella finestra File braowser vengono caricati e parsati automaticamente).
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